Habitattap
Avskoging ødelegger regnskoger, savanner, og våtmarker hvor jaguarer lever, og eliminerer jaktområder, skjul, og reir-områder.
Redusert byttedyr
Rydding av livsmiljø reduserer bestander av hjort, tapir, peccarier, og annet byttedyr, og etterlater jaguarer uten nok mat.
Fragmentering
Isolerte skogbiter hindrer bevegelse, parning, og genetisk mangfold, og fører til inavel og lavere reproduktiv suksess.
Menneske-konflikt
Når livsmiljø krymper, nærmer jaguarer seg menneskelige bosettingar for mat, øker konflikt og dreping for å beskytte husdyr.
Redusert utbredelse
Mindre utbredelsesområder begrenser jaguarers evne til å regulere byttedyrsbestander og spre frø, og påvirker hele økosystemer.
Javning
Avskoging gjør jaguar-livsmiljøer mer tilgjengelige for jegere som rettar seg mot pels, tenner, og andre kroppsdelar.