Jaguarer er tilpasningsdyktige, men deres ideelle habitat er frodig og tropisk:
Tropiske skoger: Foretrukket habitat med tett dekke og rikelig bytte.
Våtmarker: Som Pantanal, rike på vannlevende dyr.
Tørre skoger og sletter: Mulig der vann og bytte er tilgjengelig.
Viktige habitatsegenskaper inkluderer rikelig vann, tett vegetasjon, rikelig bytte, og minimal menneskelig forstyrrelse. Habitattap fra avskoging og jordbruk truer jaguarpopulasjoner.