Hettegenser ble en gang jaget i stort antall for pelsen og spekkene. Dette jakttrykket reduserte befolkningen til en brøkdel av den opprinnelige størrelsen. Selv om internasjonale avtaler nå beskytter hetteforseglinger mot kommersiell jakt, blir de fremdeles noen ganger drept av livsopphold.
Klimaendringer
Klimaendringer fører til at den arktiske havisen smelter med en alarmerende hastighet. Dette reduserer mengden habitat tilgjengelig for hetteforseglinger, som bruker isen til å avle, føde og sykepleier deres unge. Når havisen smelter, blir også hetteforseglinger tvunget til å konkurrere om mat med andre seler som beveger seg inn på deres territorium.
Forurensning
Forurensning er en annen trussel mot hetteforseglinger. De kan innta miljøgifter som olje, plast og tungmetaller, noe som kan forårsake helseproblemer. Forurensninger kan også samle seg i næringskjeden, noe som betyr at hetteforsegler kan bli utsatt for høye nivåer av giftstoffer selv om de ikke direkte inntar dem.
rovdyr
Hettegenser har flere naturlige rovdyr, inkludert isbjørn, spekkhval og haier. Disse rovdyrene kan drepe hetteforseglinger i alle aldre, men de er spesielt farlige for unge unger.
Kombinasjonen av disse truslene har fått hetteforseglingsbefolkningen til å avta betydelig de siste årene. Hettete seler anses nå for å være en truet art.