Amazonas-sjøkuer er planteetere som primært forbruker vannplanter som vannhyacint, vannsalat og Amazonas-sverd. De spiser også alger og biofilm på nedomgårde overflater, og av og til frukt og blader som faller i vannet. De kan opportunistisk forbruke fisk, skaldyr eller aas, men dette er ikke vanlig preferanse. Sjøkuer er trege og må spise store mengder planter, iblant opptil åtte timer om dagen for å opprettholde kroppsvekten.