Muskratter er planteetere som foretrekker saftig vannvegetasjon. De bruker skarpe snittkjever for å klippe rørgræs, akleblader og andre undervannsplanter. Deres kost inkluderer også røtter, grønnsaker og frukt.
Om vinteren, når ferskvann fryser, utvider muskratter kosten sin til trebark, nøtter, frø, og de indre røttene av vannplanter tilgjengelige under isen.