Livraumtap
Etter som menneskebestander utvider seg, fragmenteres og ødelegges den iberiske gaupes naturlige livraum, noe som gjør det stadig vanskeligere for de spredte bestandene av arten å reprodusere og overleve.
Menneskelig aktivitet
Den største trusselen mot den iberiske gaupe er menneskelig aktivitet, som jakt, livraumsødeleggelse og bilulykker. Livraumsødeleggelse fra jordbruk, urban utvikling og gruvedrift har drastisk redusert gaupens utbredelsesområde, og delt opp bestander i små, isolerte grupper som er mer utsatt for utryddelse.
Sykdom
I tillegg er den iberiske gaupe sårbar for sykdommer som katteleukemi, som ofte er dødelig for arten.
Lavt genetisk mangfold
På grunn av lave bestandsnummer har den iberiske gaupe lavt genetisk mangfold, noe som gjør den mer sårbar for sykdommer og andre trusler. Dette begrenser artens evne til å tilpasse seg og gjenopprette seg etter utfordringer, og øker risikoen for utryddelse.
Vildejakt
Iberiske gauper blir også drept for sitt pels og andre kroppsdelar, inkludert tenner, klor og kjøtt, som selges på det svarte markedet. De blir også av og til fanget i snarer satt for andre dyr, eller skutt av jaktere som tar dem for andre arter, som rev.
Menneske-vilt-konflikt
Iberiske gauper kommer av og til i konflikt med mennesker, ved å prete på husdyr og kjæledyr. Dette kan føre til hevnlystne drap av bønder og andre, som videre reduserer tallene.