Lemurer står overfor flere naturlige rovdyr i sine opprinnelige levesteder. Fossa, et kjøttetende pattedyr hjemmehørende på Madagascar, er et toppredator i stand til å drepe store lemurer. Rovfugler som høker, ørner og ugler jakter lemurer med skarpe klor og nebb. Flere slangearter, inkludert boer og pytoner, rovør også lemurer ved å kvile dem.
Innførte tamdyr som katter og hunder kan jakte og drepe lemurer. Mennesker forblir en av de største truslene gjennom jakt for pelskinn, kjøtt og medisin, samt levestedsødeleggelse forårsaket av hogst, gruvedrift og jordbruk.