De primære rovdyrene for nebbdyr er elve krokodiller, goannaer, vannrotter, slanger og store ugler. I noen områder kan rev, dingoer og katter også rovde nebbdyr, spesielt der disse dyrene er introdusert eller nebbdyrepulasjoner er lave.
I regioner med høyere nebbdyrtetthet, som østkysten av Australia, er goannaer, elve krokodiller og store slanger den største trusselen.