Kilebektukaner står overfor mange trusler til sin overlevelse, fra menneskelig aktivitet til naturlige rovdyr. Habitatforringelse, jakt og ulovlig kjæledyrhandel setter press på ville bestander.
I regnskogen må de også våkne for naturlige fiender som slanger, ocelotter, margay, andre smakkatter, kinkajuer, nasubjørner (coatis) og rovfugler som høker og uler. Vernarbeid fokusert på habitatbeskyttelse er essensielt for å hjelpe disse fargerike fuglene å overleve.