Javan-nesehornet (Rhinoceros sondaicus) er klassifisert som følger: Rike Animalia, Stamm Chordata, Klasse Mammalia, Orden Perissodactyla, Familje Rhinocerotidae, Slekt Rhinoceros, Art R. sondaicus. Det tilhører ujevntåde hovdyr-orden og nesehornfamilien.