Potensielle naturlige rovdyr for javan-nesehornet inkluderer tigerer, leoparder, krokodiller, bjørner og hyener. Likevel er menneskelige trusler langt mer betydningsfulle. Javan-nesehorn blir jaktet for kjøtt, skinn og horn brukt i tradisjonell medisin. Habitattap fra hogst, jordbruk og utvikling fjerner deres tropiske regnskogs-hjem. Jekt for horn solgt på svartemarked forblir en kritisk fare.
Javan-nesehornet er en av verdens mest truede arter, med bare ca. 67 individer estimert å leve i vill mark.