Tap og fragmentering av habitat :Skilpaddenes naturlige habitat blir i økende grad ødelagt eller fragmentert av menneskelige aktiviteter, som jordbruk, urbanisering og gruvedrift. Dette reduserer tilgjengeligheten av mat og hekkeplasser og øker deres sårbarhet for rovdyr og sykdom.
Klimaendringer :Klimaet varmes raskt opp i regionen der den afghanske skilpadden lever. Dette forårsaker endringer i skilpaddenes habitat, noe som gjør det vanskeligere for dem å overleve og reprodusere seg.
Sykdom :Skilpadder er også mottakelige for ulike sykdommer, inkludert luftveisinfeksjoner, skjellråte og øyeinfeksjoner. Disse sykdommene kan spres ved kontakt med andre infiserte dyr eller gjennom forurenset mat eller vann.
Samling :Skilpaddene samles inn til handel, mat, kjæledyr og andre formål, noe som har ført til en nedgang i bestanden deres.