1. ferskvann: De finnes ofte i ferskvannshabitater som innsjøer, dammer og elver. De kan trives i både stående og flytende vannforekomster.
2. Marine miljøer: Noen kaonoflagellater finnes i marine miljøer, inkludert kystfarvann og åpne hav. De kan bli funnet på forskjellige dybder, fra grunne kystområder til dypt havvann.
3. jord: Noen arter av kaonoflagellater finnes i fuktige jordarter og landsmiljøer. De kan bo i jordporer og mikrohabitater rike på organisk materiale og fuktighet.
4. Symbiotiske forhold: Visse chaonoflagellater danner symbiotiske forhold til andre organismer. For eksempel lever noen arter i forbindelse med marine virvelløse dyr som svamper eller koraller, der de bidrar til vertens næringsinnsamling og forsvar.
5. Ekstreme miljøer: Noen kaonoflagellater har tilpasset seg for å overleve i ekstreme miljøer, for eksempel varme kilder, sure vann eller miljøer med høye saltkonsentrasjoner. De viser unike tilpasninger som gjør dem i stand til å trives under disse utfordrende forholdene.
Den spesifikke habitatpreferansen til en bestemt kaonoflagellatart avhenger av dens fysiologiske tilpasninger og økologiske krav. Disse organismer opptar forskjellige naturtyper, alt fra økosystemer for ferskvann til marine miljøer og til og med terrestriske omgivelser.