Javanesisk neshorn er truet på grunn av en kombinasjon av faktorer:
1. Habitatstap og fragmentering
Skogavverk og fragmentering av livsmiljø reduserer tilgjengelig rom og forhindrer genflyt.
2. Jakt
Etterspørselen etter neshorn i tradisjonell medisin og høye svartemarkedspriser driver jakt.
3. Menneske-vildt-konflikt
Konkurranse om ressurser og hevn drap når neshorn blir aggressive.
4. Andre faktorer
Sykdommer, redusert genetisk mangfold og klimatendringer.
Javanesisk neshorn er kritisk truet, med færre enn 100 individer som kun finnes i Ujung Kulon nasjonalpark på Java, Indonesia. Bevaringsarbeid er i gang, men arten står fortsatt med høy risiko for utryddelse.