Dommer Doom var faktisk en korrupt dommer som i all hemmelighet jobbet med en eiendomsutvikler ved navn Mr. R.K. Maroon. De ønsket å rive ned Toontown og bygge en ny motorvei på sin plass, og de trodde at Roger Rabbits drap ville skape et miljø med frykt og kaos som ville tvinge toons til å forlate.
Dommer Doom plantet bevis på åstedet for forbrytelsen og manipulerte etterforskningen for å få det til å se ut som Roger var skyldig. Imidlertid ble den virkelige skyldige avslørt for å være dommer Doom selv, som til slutt ble drept av sin egen sammenkok, "Dip", som oppløste ham i en haug med goo.