Flaggermus finnes på alle kontinenter unntatt Antarktis. De er mest artsrike i tropene og subtropene. Afrika har over 1000 arter, Asia over 500, Europa over 250, Nord-Amerika over 400, og Sør-Amerika over 300. Flaggermus lever i skoger, ørkener, eng, våtmarker og mange andre habitats. De er viktige pollinatører, frøspredere, og rovdyre for insekter.