Ville flyvepelsdyr lever i en rekke habitater over hele kloden, avhengig av art.
Nord-Amerika
Nordlig flyvepelsmus finnes over store deler av Canada og nordlige USA i bjørneskoger og blandede skoger. Sørlige flyvepelsmus lever primært i østlige og sørøstlige USA og deler av Mexico, foretrekker løvskoger. Mexikansk flyvepelsmus beboer mexikanske fjell i bjørne- og blandede skoger.
Europa og Asia
Eurasisk flyvepelsmus strekker seg fra Skandinavia til Japan i bjørne-, løv- og blandede skoger. Japansk flyvepelsmus finnes kun i Japan, hovedsakelig i løvskoger.
Andre regioner
Afrikansk flyvepelsmus lever i ulike deler av Afrika, primært i tropiske regnskoger. Flyvepelsdyr foretrekker generelt skoger med modne trær som gir redehuller og mat som nøtter, frø, sopp, og insekter.