Skilpadder er faktisk reptiler og svært vellykkede det. Skilpadder er kategorisert under klassen Reptilia, og er videre klassifisert under ordnen Testudines, som inkluderer skilpadder og landskilpadder. Selv om skilpadder og andre reptiler deler mange trekk, setter enkelte egenskaper ved Testudines dem fra.
Mating
Hodet til en skilpadde har en lang fleksibel hals som tillater skilpadden å trekke hodet inn i skallet sitt for beskyttelse mot rov dyr. I motsetning til de fleste andre reptiler, har skilpadder en skarp nebb som de bruker til å spise. De har ikke tenner. Nebben er utkledet med skarpe ryggkanter, og de kan ikke stikke ut tunge for å fange bytte.
Epidermis
Epidermis hos de fleste skilpadder inneholder modifiserte celler som danner harde skjoldfeller, eller skjoldfeller laget av keratin. Disse skjoldfellene utgjør skilpaddeskallet. Dette tøye proteinet keratin, er det samme proteinet som finnes i skilpaddens nebb likevel som menneskehud og negler. Øvre halvdel av skilpaddeskallet kalles karapaks og den nedre halvdel kalles plastron. Disse to halvdelene er forbundet av broer. Andre reptiler har et epidermalt lag av skjoldfeller, men de modifiseres ikke til å danne et skall.
Respirasjon
Skilpadder har lunger som andre reptiler gjør. Likevel hindrer skilpaddeskallet dem fra å fullt utvide brysthulen. Skilpadder har dermed tilpasset andre respirasjonsmetoder. Bukkal pumping trekker luft inn i munn og deretter inn i lungene ved hjelp av faryngeale muskler på bunn av strupen. En annen metode brukt av noen skilpadder er å utvide det interne volumet av skallet ved hjelp av muskler som dekker karapaksen. Dette trekker luft inn i lungene på en sammenlignbar måte som et midtriff ville. Under vann, stoler skilpadder på vanntrykk for utånding og muskelaktivitet for inånding.
Kranium
Skilpadder er også forskjellige fra andre reptiler i skjelettmessige trekk. Skilpadder anses som anapsider, noe som betyr at kraniet ikke har temporale åpninger (kallede laterale temporale fenestraer). Alle andre levende reptiler er diapsider, med to par temporale åpninger.
Misforståelser
Skilpadder er reptiler – ikke amfibier. Reptiler har et kroppsdekkje av hornete epidermale skjoldfeller. De har parvis lemmer, vanligvis med fem tær, ribben med en brystbein, respirasjon ved lunger og et trekamret hjerte (krokodiller har et firekamret hjerte). Alle reptiler er eksoterme eller "kaldblodete," noe som betyr at de må regulere kroppstemperaturen sin ved å utveksle varme med omgivelsene sine. Reptiler har separate kjønn, og direkte utvikling av avkom der de unge ser ut som miniatyrversjoner av voksne, og det er ingen larvestadium.