Ammonitter forsvinnet under Cretaceous–Paleogene utdøingshendelsen, for ca. 66 millioner år siden. Denne masseutdøingen utslet også de ikke-fugle dinosaurer og mange andre livsformer.
Den ledende teorien er at en asteroide eller komet traff nær det som nå er Chicxulub, Mexico, og slippte enorme mengder varme, støv og gasser i atmosfæren. Den resulterende globale klimaforstyrrelsen gjorde overlevelse umulig for mange arter.
Ammonitter var blant de mange havkreaturene som omkom. Likevel overlevde deres nære slektninger, Coleoidea, og diversifiserte til moderne blækspruter, blekkspruter og blækspruter.
Utdøingen var global i skala og påvirket marine og terrestriske organismer på forskjellige måter, men tapet av ammonitter markerte slutten på en linje som hadde blomstret i hundredvis av millioner år.