Proteiner produseres gjennom proteinsyntese, som innebærer transkripsjon av genetisk informasjon fra DNA til RNA og påfølgende translasjon av RNA til et protein. Denne prosessen er i utgangspunktet den samme i alle organismer, inkludert fisk og mennesker.
Likevel kan det være forskjeller i de spesifikke proteinene som produseres av ulike arter, samt i reguleringen av proteinsyntesen. For eksempel kan visse proteiner uttrykkes i ulike mengder eller på ulike tidspunkter. I tillegg kan noen organismer ha unike proteiner som ikke finnes hos andre.