Beifangst
Den primære trusselen mot Baiji er uheldig fangst i fiske nett. Økt fiske i Yangtze-elven har økt sannsynligheten for at individer havnes i redskap, spesielt gitt artens reduserte bestand og begrensede utbredelse.
Habitatforringelse
Yangtze-elven er en av verdens mest forurensede elver. Forurensninger som tungmetaller, pesticider, og farmasøyter kan forårsake kreft, reproduktive problemer, og immun-dysfunksjon hos delfiner. Dammebygging og andre vannprosjekter har også bidratt til habitatforringelse.
Jakt
Selv om den kinesiske regjeringen har forbudt jakt på Baiji-delfiner, foregår ulovlig jakt fortsatt. Delfiner jeges for kjøtt, som anses en delikatesse i noen områder, og for olje brukt i tradisjonell kinesisk medisin.
De kumulative effektene av disse truslene forårsaket et raskt bestandfall. I 1980-årene levde det estimert 400 Baiji-delfiner i Yangtze-elven. Ved slutten av 2000-tallet var det bare 18 individer igjen. I 2016 ble Baiji erklært funksjonelt utryddet, uten bekreftede observasjoner siden 2002.