Det er generelt ikke en god idé å holde guppyer med rengjøringsfisker. Rengjøringsfisker, spesielt større arter, kan være aggressive og kan nippe eller spise små guppyer.
De to har også ulike habitatbehov. Guppyer foretrekker varmt ferskvann, mens mange rengjøringsfisker er tilpasset saltvann eller brakkvannmiljøer. Deres førevaner skiller seg også ut, som kan føre til konkurranse og stress.
I sjeldne tilfeller kan veldig små rengjøringsfisker i en veldig stor tank sameksistere med guppyer, men dette krever nøye observasjon. Sikrere alternativer for parasittkontroll inkluderer jevnlige vannskift, saltbad, og passende medisin.