Som de fleste fisk, puster gullfisk under vann ved hjelp av gjeller. Gjeller er tynne, fjæraktige strukturer plassert på hver side av fiskens hode. Inni gjellene absorberer små blodkar oksygen fra vannet.
Gullfisk puster ved å ta vann inn gjennom munn og la det strømme over gjellene. Når vann strømmer over gjelleoverflaten, diffunderer oksygen inn i blodstrømmen, og fisken utslipper vannet gjennom gjelleåpningene.
Det er en vanlig misforestilling at gullfisk bruker et labyrint-organ for å puste luft. Den tilpasningen tilhører visse andre fisk, som kampfisk og gurami. Gullfisk er fullstendig avhengig av sine gjeller for å trekke ut oksygen fra vann.