For å avgjøre om en art er utdødd ved hjelp av et fylogenetisk tre, følger forskere en nøye prosess:
Lokaliser grenen: Først identifiserer man grenen på treet som representerer arten i spørsmål.
Undersøk grennstatus: Sjekk om linjen som fører til den arten ender eller fortsetter. Hvis grenen terminerer uten etterkommere, antyder det at arten er utdødd. Hvis grenen fortsetter og gir opphav til videre linjer, anses arten som levende.
Kryssreferer med annen bevis: Fylogenetiske data bør støttes av fossiler, historiske dokumenter og feltobservasjoner. Å kombinere flere bevislinjer øker tilliten til konklusjonen.
Kort sagt, analyse av forgreningsmønstre og validering med eksterne poster er nøkkelen til å avgjøre om en art har forsvunnet.