Kejserfisk finnes i tropiske og subtropiske farvann, avhengig av art.
- Korallrev og steinrev
- Seegrasbør
- Forskjellige dybder fra grunt til dypere vann
Spesifikke regioner inkluderer Karibien, Indo-Stillehavet, og Rødehavet. Arter som dronningkejser, kejserkejser, og arabisk kejserfisk finnes i disse områdene.