1) Cellenstruktur:
- Bakterier: Prokaryotiske celler, mangler membran-innesluttede organeller og kjern.
- Protister: Eukaryotiske celler, besitter membran-innesluttede organeller og en sann kjern.
2) Størrelse:
- Bakterier: Typisk 0,1 til 5 mikrometer (µm) i størrelse.
- Protister: Større enn bakterier, fra flere mikrometer til over en millimeter i størrelse.
3) Genetisk materiale:
- Bakterier: Enkelt sirkulært kromosom lokalisert i nukleoide-regionen.
- Protister: Flere lineære kromosomer innesluttet i en distinkt kjern.
4) Lokomisjon:
- Bakterier: Noen bakterier har flageller eller pili som muliggjør bevegelse, mens andre er ikke-motile.
- Protister: Protister viser en større variasjon i lokomisjon, inkludert flageller, cilia, eller pseudopodier for bevegelse.
5) Ernæring:
- Bakterier: Mangfoldige ernæringsstrategier, inkludert autotrofer, heterotrofer, og parasitter.
- Protister: Primært heterotrophe, forbruker andre organismer for ernæring, men noen er autotrophe eller mikstotrophe (kombinerer autotrofi og heterotrofi).