Stein brukes i ferskvannsakvarier både av estetiske grunner og for å skape gjemmesteder for fiskene. Akvariumstein gir fisker plass til å legge egg og overflater der algeetere og andre aspadyr kan finne føde. Ikke alle steiner egner seg like vel. Steinen må testes før bruk, best ved å legge den i en plastbeholder med akvariumvann i en uke. Steiner som ikke løsner ut mineraler i beholderen, egner seg til akvariet. Tilstedeværelsen av mineraler oppdages ved å teste pH-verdien i vannet.
Lavastein
Denne steinen er populær blant ferskvannsakvarister, da den er holdbar og finnes i ulike farger. Lavastein (eller vulkanstein) dannes når smeltet lava fra aktive vulkaner forkoles og stivner, ifølge Freshwater Aquarium Site. Lavastein bør skylle under rinnende vann før bruk. De mørkere bitene brukes ofte i akvarier med New World-ciklider fra Amazon og dens sidetrender. Knust lavastein brukes i biologisk filterkompartiment. Disse svært poreøse steinbitene koloniseres lett av både aerobe og anaerobe bakterier, noe som gjør dem ideelle som biologisk filtermateriale.
Sandstein
Sandstein består av smale sandkorn og andre mineraler, og er en sedimentær stein bestående av feltspat og kvarts. Sandstein finnes i ulike farger, inkludert beige, rød, gul og hvit. Den er værbestandig og brukes ofte som dekor i ferskvannsakvarier. Sandstein er ganske poreøs og kan være sprø, så akvarister må ta hensyn til dette ved bygging av høye strukturer i akvariet.
Kvarts
Kvarts finnes i attraktive former og mange farger, inkludert citrin, røyk-kvarts og rosenkvarts. Et vanlig mineral som ofte velges av ferskvannsakvarister. Det påvirker ikke vannkjemien, da det er inert i ferskvann. Sammensatt hovedsakelig av kiseldioksid, er kvarts ikke et tungt mineral, og flere biter kan stakkes for å skape huler eller overheng. Kvartsbiter pakkes ofte mot bakglasset for å skape en naturlig vegg. Store biter kan brukes som enkelte fremhevde elementer. Vakkert rosenkvarts er en delikat rosa farge som fremhever fargene på mange ferskvannsarter.
Skifer
Skifer er inert i ferskvannsakvarium, men er tung. Silikontetting for akvariumbruk kan brukes til å feste skiferbiter sammen, eller kombinere skifer med andre steintyper. Skifer er ideelt for å lage lange, stabile huler. Den kan delvis begraves under substratet og danne et flat fundament andre steintyper kan plasseres på. Skifer brukes ofte som overflate for fisk til å legge egg på.