Saltvannsfisk og invertebrater, som svamper og koraller, krever et stabil og forurensningsfritt levemiljø. Disse levende dyrene avsetter likevel kontinuerlig metabolsk avfall i akvariet og sänker dermed vannkvaliteten. Filtre brukes for å fjerne giftig avfallsstoff og for å sikre optimale levemuligheter for akvariumbeboerne.
Proteinskimmer
Proteinskimmere, også kjent som skumfraksjonatorer, er filtre som fjerner avfallsstoff fra vannet før det begynner å bryte ned. Disse filtrene består typisk av en lang reaksjonstube, gjennom hvilken meget fine bobbler ledes. Boblene dannes enten ved en tretein som er koblet til en vibratorpumpe, eller ved en venturi-funksjon. Molekyler av fiskeurin og andre proteiner hafter seg til boblene og fjernes fra akvariumvannet, når disse boblene danner stabilt skum på vannoverflaten. Dette skummet presser seg opp i en samlebeholder, som tømmes og rengjøres ved behov.
Biologisk filter
Det poreøse filtermaterialet i disse filtrene er overdekket av kulturer av gunstige bakterier. Iltskjærende (aerobe) bakteriearter utvikler seg på den ytre overflaten av dette materialet, som utsettes for høy vannstrøm og iltnivå. De bakteriearter som bare kan overleve i et iltfattig miljø, vokser inne i det poreøse filtermaterialet. Sammen bryter disse bakteriene ned giftig metabolsk avfall i akvariumvannet.
Ultraviolett steriliserer
Dette spesialiserte filteret består av en hul sylinder som inneholder en ultraviolett lyskilde. Encellige alger, bakterier og sykdomsfremkallende organismer som føres med akvariumvann, ødelegges når de passerer ultraviolettpæren. Dette filteret er derfor i stand til ikke bare å holde marin vann rent, men også å kontrollere sykdomsutbrudd. UV-filtre plasseres best etter mekanisk filter, som fjerner større detritus og smuss, før vannet utsettes for UV-lyskilden.
Diatom-filter
Diatomfilter fjerner ekstremt små partikler av detritus fra akvariumvann. Diatomejord består av skjeletter av diatomeer og er i stand til å fange mikroskopiske partikler. Frite svømmende patogener eller sykdomsfremkallende organismer fjernes også fra akvariumvannet av disse filtrene. Diatomfilter trenger ikke å kjøre kontinuerlig og brukes normalt når vannet er skyet eller under et sykdomsutbrudd.
Kjemisk filter
Kjemisk filtermateriale fjerner tokser fra akvariumvannet. Aktivert kull er det mest brukte kjemiske filtermaterialet. Aktivert kull fanger og binder molekyler av avfall, som fjernes fra akvariet, når kullet kasseres. Det er viktig å bytte ut aktivert kull månedlig for å forhindre at det løsner giftig avfall tilbake i akvariumvannet.