I tillegg til å absorbere oksygen, hjelper gjellene også til å skille ut karbondioksid, som er et avfallsprodukt av respirasjon. Karbondioksid frigjøres i vannet når blodet renner gjennom gjellingsfilamentene.
Gills av en regnbueørret er veldig effektive til å absorbere oksygen fra vannet. Dette er fordi gjellfilamentene er veldig tynne, noe som gir mulighet for et stort overflateareal for absorpsjon av oksygen. Blodkarene i gjellingsfilamentene er også veldig nær overflaten av filamentene, noe som muliggjør rask diffusjon av oksygen inn i blodet.