I et innsjøøkosystem interagerer levende (biotiske) og ikke-levende (abiotiske) komponenter på komplekse måter:
Næringsstoffsyklus: Fytoplankton og mikrober bruker sollys og næringsstoffer som nitrogen og fosfor for å skape organisk materiale.
Nedbryting og oksygen: Bakterier og sopp bryter ned dødt materiale, frigjør næringsstoffer; oksygennivåer påvirker nedbrytingseffektivitet.
Temperatur og skikting: Soloppvarming skaper temperaturlag som påvirker hvor organismer lever og finner ressurser.
pH og alkalinitet: Vannkjemi, formet av geologi og biologiske prosesser, bestemmer hvilke arter som trives.
Rov og konkurranse: Artsinteraksjoner kontrollerer bestandstørrelser og former fellesskapsstruktur.
Menneskelig påvirkning: Forurensing og fremmede arter introdusert av mennesker kan forstyrre næringsstoffer, oksygen og økologisk balanse.
Endringer i en komponent kan kaskadere gjennom hele innsjøsystemet.