Habitatkravene til aleviner varierer avhengig av fiskearten. Generelt foretrekker de grunne, vegetasjonsrike områder med rent, veltoksygenert vann. Vegetasjonen gir skjul fra predatorer, og oksygenen hjelper dem med å utvikle seg riktig. I tillegg til disse to nøkkelparametrene er også substratet i elvebettet viktig, da grus hjelper med å skape interstitielle rom der oksygenrikt vann kan strømme, samtidig som det gir skjul og hvileplasser for aleviner. I tillegg er aleviner følsomme for lys, så de foretrekker skyggefulle områder. Vann temperaturen kan også være viktig, da noen fiskearter krever kjøligere vann enn andre. Sammensatt er kvaliteten på det fysiske habitatet en av de største avgjørende faktorene for oppdrett av unge laksfisk og vinteroverlevelse, som i stor grad er en funksjon av elvehabitatets tilstand i forhold til vannføring for å opprettholde habitatstruktur, mengden sediment (f.eks. sand) innesluttet i grus, som kan hindre bevægelse av vann inn i grus og negativt påvirke overlevelsen fra egg til alevin.