Galapagos-pingviner finnes eksklusivt på Galapagos-øyene, ca. 1000 km vest for fastlands Ecuador i Stillehavet. De beboer kystområder og klippete kyster, spesielt på Isabela, Fernandina, Floreana og Santiago-øyene.
De foretrekker grunne farvann og skjulte bukter med jevne hellinger, der de lett kan nå mat og redde. Det lokale klimatet varierer med havstrømmene, men disse pingvinene har tilpasset seg godt øyenes unike forhold.