New Mexico er rikt på biologisk mangfold, rangert fjerde høyt i antall innfødte arter av NatureServe. New Mexico er tørt, med en relativt lav variasjon av amfibier og ferskvannsarter. Imidlertid gir dette tørre miljøet et egnet hjem for en rekke edderkopper, andre araknider og insekter.
Pattedyr
- New Mexico har en rekke dyr som er hjemmehørende i staten. Pattedyrarter inkluderer Canada lynx, Gunninson's prairie dog, black-footed ferret, lesser long-nosed bat, Mexican long-nosed bat, desert pocket gopher, penasco chipmunk, swift fox, yellow-nosed cotton rat, og gray wolf. Jaguaren, som er den største innfødte amerikanske katten, ble trodd å være borte fra sørvest til den ble sett i New Mexico i 1996.
Fisk
- Blandt fisk har New Mexico headwater chub, Rio Grande cutthroat trout, roundtail chub, Gila chub, Zuni bluehead zucker, Gila topminnow, Rio Grande silvery minnow, Chihuahua chub, spikedace, White Sands pupfish, gray redhorse, og Sonora sucker. Loach minnow lever også i New Mexico. Loach minnows legger mellom fem og 250 egg under en flat stein.
Amfibier
- Amfibiearter som er hjemmehørende i New Mexico inkluderer Jemez Mountains salamander, Chiricahua leopard frog, boreal toad, lowland leopard frog, og Sacramento Mountain salamander. New Mexicos innfødte reptiler inkluderer Mexican gartner snake, sand dune lizard, rattlesnake, gray-checkered whiptail, og narrowhead gartner snake. New Mexico ridgenose rattlesnake, som er truet, fortsetter å gjøre ørkene i New Mexico til sitt hjem.
Fugler
- Mange fuglearter er hjemmehørende i New Mexico, inkluderer lesser prairie-chicken, sprague's pipit, yellowed-billed cuckoo, least tern, northern aplomado falcon, southwestern willow flycatcher, whooping crane, mountain plover, Mexican spotted owl, American peregrine falcon, arctic peregrine falcon, og whiskered screech owl. Western burrowing owl's tilstedeværelse i New Mexico har blitt stadig svakere, og den betraktes nå som en art av bekymring.
Inverterater
- Det finnes mange arter i New Mexicos inverteratgruppe, både arthropod og bløtdyr. Arthropods inkluderer Noel's amphipod, animas minute moss beetle, Anthony blister beetle, bonita diving beetle, desert viceroy butterfly, limestone tiger beetle, New Mexico silverspot butterfly, og regal silverspot butterfly. Socorro isopod er et vannlevende isopod distinct fra sine land slektninger; det overlever bare i restene av en termisk spa i New Mexico. New Mexican bløtdyr inkluderer chupadera springsnail, Gila springsnail, Texas hornshell, Toltecus chihuanus millipede, Dona Ana talussnail, pecos springsnail, og Sangre de Cristo peaclam.