Panama – et biologisk mangfold-hotspot
Ifølge Conservation International er Panama en del av den mesoamerikanske biodiversitets-hotspot som strekker seg hele veien gjennom tropisk Midt-Amerika fra Mexico. Dens La Amistad Internasjonalpark og Biosfære-reservat, delt med Costa Rica, er det enkelte største uberørte skygskogsområdet i Midt-Amerika. Conservation International estimerer at 75 % av de trekkfuglene i vestlige halvkule samles i parken. En nylig studie av Smithsonian Tropical Research Institute's Center for Tropical Forest Science fant at Panamas skoger er mer artsrike enn Amazon. Panama er hjem for truede arter som jaguar og Bairds tapir samt mange andre mindre kjente skapninger.
Panamansk gullfrosk
Den panamanske gullfrosken (Atelopus zeteki) anses nå for utryddet i vill tilstand etter at de siste kjente froskene ble tatt i fangenskap for å beskytte dem mot en dødelig sopp. Hjemmehørende i fjelltropeskoger i vest-sentral Panama på høyder mellom 335 og 1310 m (1100–4300 fot), ble den funnet i fjellbekker. Den panamanske gullfrosken kvakker ikke, men vinker med hånden for å signalere til andre frosker. Den er nasjonaldyret i Panama.
Praktspindelape (Ornate Spider Monkey)
Den praktfulle spindelapen (Ateles geoffroyi ornatus) er en truet underart av Geoffroys spindelape som kun finnes i Panama og Costa Rica. Det trors å være ca. 30 aper igjen i vill tilstand, levende i primær regnskog nær Stillehavskysten. Underarten er truet av ulovlig jakt samt av avskoging og forstyrrelse av habitatet.
Harpyørn (Harpy Eagle)
Harpyørnen (Harpia harpyja) er den største ørnen i Den nye verden og finnes i Sør- og Midt-Amerika samt Panama. Harpyørner lever i uforstyrret skog og lever av senere, aper og fugler. Arten er nasjonalfuglen i Panama, men anses som truett av utryddelse ifølge Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora (CITES). Det er tenkt å være over 200 hekkepar i Panama, men habitatforstyrrelse og ulovlig jakt truer fortsatt harpyørnen.
Havskilpadder
5 arter havskilpadder besøker Panamas farvann og det finnes viktige hekkeplasser for den høyt truede lærskilpadden (Dermochelys coriacea) på dets Caribisk kyst ved Bocas del Toro. Lærskilpadder vandre vidt i havene, men vender alltid tilbake til samme sted for å hekke. De er truett av eggplukking samt av å bli fanget i fiske-linjer og nøtter. Sea Turtle Conservancy estimerer at det er ca. 35 860 hekkende hunn-dyr igjen i verden, hvav opptil 14 005 kommer for å hekke på Panamas strender.