Tapirer har noen fiender, avhengig av deres lokasjon og alder:
- Jaguarer: Den mest vanlige rovdyret for voksne tapirer, spesielt i Sør-Amerika.
- Pumaer: Også i stand til å ta voksne tapirer, mer vanlig i Midt-Amerika og sørvest USA.
- Kaimaner: Kan utgjøre trussel i ferskvannssumper, spesielt for unge tapirer.
- Anakondaer: Kan kvile og drepe tapirer, selv om dette er sjelden.
- Andre rov dyr: Store hundedyre som ulver eller ville hunder kan jakte tapirer i enkelte regioner.
Tapirer er generelt uforklarlige og kan forsvare seg med sterke bein og kraftige spark. Unge tapirer er mest sårbare. Mennesker er også en betydelig trussel gjennom habitatstap og jakt.