Den primære funksjonen av flekker på flekkhyener er kamouflasje. Pelsene hjelper dem å blende inn i savanner, gressmarker og skogområder, og bryter opp konturen mot pusset lys og skygger.
Denne forstyrrende fargingen gjør dem vanskeligere å oppdage under jakt eller unnvikelse av rovdyre. Flekker kan også hjelpe til med individuell gjenkjenning innenfor deres sosiale flokker, da hver hyene har et unikt mønster.
Summa summarum forbedrer flekker primært kamouflasje og jaktsuksess, med mulige sekundære roller i sosial kommunikasjon.