Spesifikke poster for dyr på San Jose-misjonen (Misjonen Santa Clara) er sjeldne, men spanske California-misjoner holdt typisk:
Husdyr
* Storfe for kjøtt, melk, skinn, og arbeid.
* Sau for ull.
* Hester for transport og arbeid.
* Griser, geiter, og kyllinger for kjøtt og egg.
Andre dyr
* Hunder for vakt og jakt.
* Katter for gnager-kontroll.
* Esler for transport av gods.
Eksakte dyr varierte etter misjons ressurser og behov. Urfolk brukte også lokalt viltliv for mat og åndelige formål.