Kongepingvin (Aptenodytes patagonicus) tilhører orden Sphenisciformes. Dens nærmeste slektning er keiserpingvinen (Aptenodytes forsteri), dens søsterart. Andre slektninger i familien Spheniscidae inkluderer:
- Nordlig hopppingvin (Eudyptes moseleyi)
- Macaronipingvin (Eudyptes chrysolophus)
- Kongepingvin (Eudyptes schlegeli)
- Snarespingvin (Eudyptes robustus)
Disse artene deler evolusjonære relasjoner innenfor pingvinfamilien.