Hawaiianske munkseler står overfor flere rovdyr i sitt naturlige miljø. Haier, spesielt tigerhaier (Galeocerdo cuvier), er kjent for å jage munkseler, spesielt unge ungar. Andre potensielle rovdyre inkluderer Galapagos-haier (Carcharhinus galapagensis) og hvithaier (Carcharodon carcharias). Spækhugger (Orcinus orca) har også vært registrert å angripe og drepe munkseler. I tillegg kan vilde hunder og innførte rovdyre som rotter og manguster true selunger på land ved å konkurrere om mat eller jage unge seler direkte. Naturverninsats og forvaltningsstrategier implementeres for å beskytte hawaiianske munkseler fra disse rovdyrene og sikre deres overlevelse og bestandsrecovery.