Ekornaber er altetere med variert kosthold. De spiser primært frukt som bananer, bær og fiken. De forbruker også insekter, små ryggdyr, fugleegg, blomster, knopper, blader, nektar, pollent, nøtter og frø.
I enkelte regioner plyndrer ekornaber avlinger, spesielt bananer, noe som kan gjøre dem til skadedyr i jordbruksområder.