Ekornaper er små og smidige, noe som gjør dem til byttedyr for en rekke rovdyre. Dyr som spiser ekornaper inkluderer:
Rovfugler: Kroneørn, høker og ugle, spesielt unge aper.
Slanger: Store slanger som boa-konstriktorer og anacondaer.
Store katter: Jaguarer og ocelotter i Amazonas regnskog.
Andre pattedyr: Pumaer, jaguars, og til og med store aper som kapusin-aper.
Rovdyrene varierer avhengig av spesifikk lokasjon og økosystem, da ekornaper primært finnes i Amazonas regnskog og andre tropiske regioner i Sør-Amerika.