- Mexicansk frihaleflaggermus (Tadarida brasiliensis): Den mest vanlige arten, danner kolonier på millioner i huler, kløfter og under bruer.
- Stor brunflaggermus (Eptesicus fuscus): Mørkebrun med 30–35 cm vingevidde; gjemmer seg i trær og bygg.
- Kveldsflaggermus (Nycticeius humeralis): Liten brun flaggermus med gul-oransje skulderpels; aktiv tidlig kveld nær vann.
- Rafinesques storøreflaggermus (Corynorhinus rafinesquii): Sjeldent, med svært store ører; gjemmer seg i huler og gruver.
- Seminoleflaggermus (Lasiurus seminolus): Liten, rødbrun med lange haler; aktiv om sommeren nær skogområder og vann.
Houston er kjent for sine store kolonier av mexicansk frihaleflaggermus under bruer (f.eks. Waugh Drive Bridge).