Flodhester står overfor flere trusler:
- Habitattap: Våtmarker og elveområder omdannes til jordbruk og utvikling.
- Røverijakt og ulovlig jakt: For kjøtt, hud, og elfenbeintenner.
- Menneske-vilt konflikt: Ødeleggelse av avlinger og territorial agressjon nær bosetninger.
- Sykdom: Miltebrand og tuberkulose kan spre seg mellom husdyr og flodhester.
- Klimaendringer: Endret vann-tilgang og temperatur påvirker habitater og mat.
- Overbefolkning: I noen områder har bevaringssuksess ført til ressurskonkurranse og konflikt.
Å beskytte flodhester krever habitatbevaring, anti-røveri-tiltak, sykdomshåndtering, og lokalsamfunns-involvering.