Når det gjelder rovdyr, har voksne flodhester generelt veldig få naturlige rovdyr på grunn av deres enorme størrelse og aggressive oppførsel. Imidlertid kan unge flodhester byttes ut av løver, krokodiller og hyener. Løver og hyener kan målrette seg mot unge flodhester som har forvillet seg fra beskyttelsen av gruppen deres eller er sårbare i visse tider, for eksempel å krysse elver eller beite i vannkanten. Krokodiller kan være en trussel mot unge flodhester i vannforekomster der begge artene sameksisterer.