Mens skallede ørn typisk er spiss rovdyr (øverst i næringskjeden), kan de byttes ut av andre dyr, inkludert andre rovfugler, for eksempel den store hornede ugle, som kan angripe skallet ørn i reirene sine. Bjørner og ulver kan også noen ganger drepe og spise skallet ørn. I noen tilfeller kan mennesker også utgjøre en trussel for skallede ørn, gjennom jakt eller ødeleggelse av habitat.