Den filippinske ørnen rovdrift primært på flyvende lemurer (kolugos), ekorn, aper og andre små til middels store skogpattedyr. Spesifikt bytte inkluderer gigantiske flyvende ekorn og filippinske makakker. Av og til kan de jakte rotter, flaggermus og andre små pattedyr. Som toppredatorer har de ingen naturlige rovfugler og bruker kraftige klor for å fange bytte effektivt.