De primære fiendene til fiskørnen er andre rovfugler, som hauker, og av og til mennesker. På grunn av sin størrelse og smidighet, er fiskørnen vanligvis godt rustet til å forsvarte sitt territorium.
Som mange rovfugler har fiskørner skarpt syn og er tilpasset jakt, noe som hjelper dem med å holde potensielle motstandere i sjekk.