Svarte fluer spiller økologiske roller i næringsstoffkretsløp og nedbryting som larver, og som voksne fungerer de som pollinatører. De er også en matkilde for fugler, flaggermus, edderkopper og andre insekter. Noe arter kan overføre sykdommer som elveblindhet, selv om de fleste svarte fluearter ikke er sykdomsbærere.
De brukes også som studiemodeller i genetikk, atferd, evolusjon og økologi.