Flaggermus og fugler er ikke nært slektet. Begge er ryggdyr og amnioter, men utover det er de ganske forskjellige.
Fugler tilhører klassen Aves, preget av fjær, nebb og vinger. Flaggermus tilhører ordnen Chiroptera i klassen Mammalia og er de eneste pattedyr i stand til motorisert flyvning.
Flaggermus og fugler deler en felles forfader kalt Synapsid, som eksisterte for ca. 300 millioner år siden. Fra denne forfedren skilte to grener ut: synapsider, som utviklet seg til pattedyr, og sauropsider, som ga opphav til reptiler og fugler.
Over millioner av år har flaggermus og fugler utviklet betydelige forskjeller i anatomi, fysiologi og atferd.