Fugler er i klassen Aves , preget av fjær, nebb og vinger, mens flaggermus er i ordenen Chiroptera, innenfor klassen Mammalia . Flaggermus er de eneste pattedyrene med drevet flukt.
Flagermus og fugler deler en felles stamfar , kalt Synapsiden, som eksisterte for rundt 300 millioner år siden. Fra denne felles stamfaren skilte to grener seg:synapsidene, som utviklet seg til pattedyr, og sauropsidene, som ga opphav til krypdyr og fugler.
Selv om de kan ha delt en felles stamfar, har flaggermus og fugler utviklet betydelige forskjeller i deres anatomi, fysiologi og oppførsel gjennom millioner av år.