En flaggermus er et pattedyr, ikke en fugl. Flere nøkkelforskjeller skiller dem:
Vinger: Flaggermusvinger er laget av hud strakt over forlengede fingreben. Fuglevinger er laget av fjær støttet av arm-lignende ben.
Kroppsdekke: Flaggermus har pels; fugler har fjær.
Reproduksjon: Flaggermus føder levende unger og ammer dem med melk. Fugler legger egg.
Navigasjon: Mange flaggermus bruker ekkoortning for å finne vei og jekte bytte. Fugler gjør ikke det.
Atferd: Flaggermus hiver ofte om vinteren, mens mange fugler trekker eller tilpasser seg vinterforhold.